Στην κατηγορία των αυτοτελών σχολείων ειδικής αγωγής υπάγεται και το Ε.Ε.Ε.ΕΚ. Τρικάλων (Εργαστήριο Ειδικής Επαγγελματικής Εκπαίδευσης) το οποίο ιδρύθηκε το Δεκέμβριο 2001. Η φοίτηση διαρκεί 6 χρόνια. Σε αυτό εγγράφονται απόφοιτοι δημοτικών σχολείων γενικής ή ειδικής εκπαίδευσης καλύπτοντας την υποχρεωτικότητα της δευτεροβάθμιας εκπαίδευσης. Eίναι σχολική μονάδα διαβαθμισμένη στη δευτεροβάθμια εκπαίδευση και χορηγεί στους αποφοίτους του πτυχίο επιπέδου 2α με επαγγελματικά δικαιώματα και δικαίωμα εγγραφής στις ΣΕΚ (Σχολές Επαγγελματικής Κατάρτισης) ειδικής αγωγής, κατόπιν εισήγησης του ΚΕΔΔΥ.
Παρέχει ακαδημαϊκές γνώσεις προσαρμοσμένες ποσοτικά και ποιοτικά στις ιδιαίτερες ανάγκες και δυνατότητες των φοιτούντων μαθητών μέσα από τα μαθήματα:
Δίνει ιδιαίτερη έμφαση στην ανάπτυξη των κοινωνικών δεξιοτήτων στα πλαίσια λειτουργίας των ομάδων εργασίας, δηλαδή στους τομείς της ατομικής φροντίδας, των διαπροσωπικών σχέσεων και της πλήρους συμμετοχής στη ζωή της κοινότητας. Οι μαθητές όλων των τάξεων παρακολουθούν για 10-15 ώρες (ανάλογα το έτος φοίτησης) την εβδομάδα το κύριο εργαστήριο ειδίκευσης, προκειμένου να αποκτήσουν και τεχνικές δεξιότητες, που θα τους βοηθήσουν αφενός στην αυτόνομη διαβίωσή τους και αφετέρου στην εξεύρεση εργασίας. Στο ΕΕΕΕΚ Τρικάλων υπάρχουν τα εργαστήρια με εξειδικεύσεις:
Κυρίαρχο κριτήριο για να πετύχει την εργασιακή του ένταξη το άτομο με αναπηρία είναι το επίπεδο των κοινωνικών του δεξιοτήτων (συνήθως απομακρύνεται από την εργασία του όχι τόσο από έλλειψη επαγγελματικών ικανοτήτων αλλά από έλλειψη επαγγελματικών συνηθειών: ?η τήρηση ωραρίου, αυθαίρετη απουσία). Στην τελευταία τάξη των Ε.Ε.Ε.Ε.Κ. θεσμοθετείται πρακτική άσκηση διάρκειας 2 τουλάχιστον τριμήνων, στο πλαίσιο των εργαστηριακών μαθημάτων η οποία προσδιορίζεται με απόφαση του Συλλόγου διδασκόντων. Η ΣΤ τάξη λειτουργεί ως τάξη τεχνικής/επαγγελματικής εξειδίκευσης με σκοπό τον εμπλουτισμό των δεξιοτήτων των μαθητών και την εξοικείωσή τους στο εργασιακό περιβάλλον. Σε περίπτωση που δεν είναι δυνατή η πρακτική άσκηση των μαθητών, τότε γίνεται με την υποστήριξη του σχολικού συνεταιρισμού.