Τα καθήκοντα των Φυσιοθεραπευτών στο ΕΕΕΕΚ είναι:
1. Αξιολογούν τις κινητικές και λειτουργικές ικανότητες των μαθητών, προσδιορίζουν τις ανάγκες τους και καθορίζουν τους θεραπευτικούς στόχους. Για το σκοπό αυτό χρησιμοποιούν ειδικές μεθόδους και μέσα εκπαιδεύοντας τους μαθητές, σε ατομική ή ομαδική βάση, όταν αυτό κρίνεται απαραίτητο από τους ίδιους, στο χώρο του φυσικοθεραπευτηρίου ή σε άλλους κατάλληλους χώρους, εντός και εκτός σχολείου.
2. Παρακολουθούν και αξιολογούν περιοδικά την κινητική εξέλιξη των μαθητών και ενημερώνουν τον ατομικό τους φάκελο.
3. Συνεργάζονται με τις συναφείς ειδικότητες του σχολείου (εργοθεραπευτή ? εκπαιδευτικό φυσικής αγωγής), χωρίς να τους υποκαθιστούν στο έργο τους καθώς και με το Ε.Β.Π. και ενημερώνουν τους εκπαιδευτικούς και το λοιπό προσωπικό του σχολείου για θέματα της αρμοδιότητάς τους.
4. Ενημερώνουν την οικογένεια για την κινητική εξέλιξη του μαθητή και εισηγούνται, σε συνεργασία με τους εργοθεραπευτές, τις όποιες εργονομικές διευθετήσεις κρίνονται απαραίτητες.
5. Εισηγούνται, συνεργαζόμενοι με τους εργοθεραπευτές, στο διευθυντή του σχολείου τις αναγκαίες εργονομικές διευθετήσεις για την ανεμπόδιστη παραμονή των μαθητών στο χώρο του σχολείου και την απρόσκοπτη μετακίνηση τους. Προτείνουν την προμήθεια βοηθημάτων για τη διευκόλυνση της κινητικής δραστηριότητας και της μαθησιακής ετοιμότητας των μαθητών.